Он был образован 12 июня 1992 года
Хабаровск, 12 июня, AmurMedia. Контрольно-пропускной пункт «Хабаровск» 12 июня отметил свой 20-летний юбилей со дня образования. На торжественном мероприятии, посвященном этой дате, начальник пограничного управления генерал-лейтенант Александр Костюченко поздравил личный состав и ветеранов с праздником, пожелал благополучия, счастья и успехов в службе на благо Отечества, сообщили РИА AmurMedia в группе общественных связей погрануправления по Хабаровскому краю и Еврейской автономной области.
12 июня 1992 года приказом командующего пограничными войсками Российской Федерации, был образован отдельный контрольно-пропускной пункт «Хабаровск».
В системе обеспечения национальной безопасности России в пограничной сфере отдельное место занимают подразделения пограничного контроля, которые непосредственно решают оперативно - служебные задачи охраны Государственной границы России в пунктах пропуска и осуществляют пропуск через государственную границу лиц, транспортных средств, грузов, товаров и животных.
Одним из первых подразделений пограничного контроля в Хабаровске, стал контрольно-пропускной пункт «Хабаровск-аэропорт». В 1970 году в короткие сроки были оборудованы стоянки для транспортных средств заграничного следования. Открылись первые международные авиалинии с Ниигатой, Пхеньяном, Аляской. Пункт пропуска осуществлял свою деятельность в круглосуточном и всесезонном режиме. Сегодня здесь сходятся основные грузовые потоки по воздушным линиям из США, Японии, Кореи, Сингапура, Таиланда, Израиля, Китая и других стран.
В 1989 году открыт пункт пропуска в Хабаровском речном порту, который обеспечивал и обеспечивает сегодня регулярное грузовое сообщение с Китайской Народной Республикой по маршрутам: Хабаровск - Фуюань, Хабаровск - Цзямусы, Хабаровск - Тунцзян.
С 1991 года начало свою работу пассажирское направление в Хабаровском речном пункте пропуска. 8 октября 1991 года по договору с сопредельной стороной открыто пассажирское сообщение между городами Хабаровск - Фуюань.
В настоящее время наследником отдельного контрольно - пропускного пункта «Хабаровск» является контрольно - пропускной пункт «Хабаровск», осуществляющий пограничный контроль в воздушном пункте пропуска «Хабаровск (Новый)» и речном пункте пропуска «Хабаровск» пассажирскому, грузовому направлениям.
Только за 5 месяцев 2012 года в пунктах пропуска оформлено и пропущено через государственную границу порядка 160 тысяч человек и более 1,5 тысячи транспортных средств.